אונסק"ו הגדירה סדרת אתרים הקשורים להיסטוריה המשובצת של הנוצרים ביפן מהמאה ה -16 עד ה -19 כאתר המורשת התרבותית העולמית ה -18 של המדינה. "האתר" מורכב מעשרה כפרים בצפון מערב קיושו, כמו גם חורבות טירת הרה - שנבנתה במקור על ידי הפורטוגזים - וקתדרלת סנט מרי של התפיסה ללא רבב בעיר נגסאקי.
מכיוון שפרקטיקה של הנצרות נאסרה ביפן עד שנת 1873, נוצרים (המכונה Kakure Kirishitan) סגדו - ומיסיונרים הפיצו את הבשורה - בסתר. הכנסיות ה"סודיות "של האתרים בכפרים" נוצריים "מרוחקים על חוף הים ובאיים מבודדים הם המרכיב העיקרי בהכרה של אונסק"ו. חורבות טירת הרה הן אלמנט נוסף, שכן שימשו מיסיונרים פורטוגזים והולנדים.
אחת הדוגמאות הגלויות ביותר לייעודו של אונסק"ו היא קתדרלת סנט מרי הרומית הקתולית של נגאסאקי - הידועה גם כקתדרלת התפיסה ללא רבב - שנבנתה בשנת 1914 לאחר ביטול האיסור על הנצרות. הקתדרלה המקורית נהרסה על ידי פצצת האטום שנפלה על נגסאקי באוגוסט 1945 והעתק של המקור הוקדש בשנת 1959. פסלים וחפצים שניזוקו בהפצצה, כולל פעמון אנג'לוס צרפתי, מוצגים כעת בשטח (וב קתדרלת התפיסה ללא רבב). פארק השלום הסמוך מכיל שרידים מקירות הקתדרלה המקורית. כנסיית אורה היא כנסייה קתולית נוספת בנגסאקי. נבנה לקראת סוף תקופת אדו בשנת 1864 על ידי מיסיונר צרפתי למען הקהילה ההולכת וגדלה של סוחרים זרים בעיר, הוא נחשב לכנסייה הנוצרית הוותיקה ביותר ביפן ולאחד האוצרות הלאומיים הגדולים במדינה.
מבחינה היסטורית, נגסאקי הייתה זמן רב הכניסה הראשונית של זרים ליפן. זה היה בנגסאקי בשנת 1859, לאחר שהקומודור פרי של ארצות הברית השתמש בדיפלומטיה של סירות ירייה כדי לדרוש להפסיק את מדיניות הבידוד של יותר מ -200 שנה ביפן, שהדיפלומטים ממדינות ברחבי העולם באו לדרוש לפתוח את הנמל בפני סַחַר. לאחר מכן הכריז הקיסר מייג'י על נגסאקי כנמל חופשי בשנת 1859. והיה נגסאקי היה התפאורה לרומן של ג'ון לותר לונג מ- 1898, מאדאם פרפר, אשר, בשנת 1904, הפכה לאופרה מאת ג'יאקו פוצ'יני ונותרה אחת מהעולם. האופרות האהובות ביותר.
