מה באמת קרה בתא הטייס של טיסה 609 ליד ITA Airways כשהיא תלויה בשמי צרפת, כשאף אחד לא הגיב לאזעקה? טייס המטוס, שיצא מניו יורק בשעה 4:37 (שעון מקומי) ב-30 באפריל ופנה לכיוון רומא פיומיצ'ינו, לא ענה לשיחות ממרכז המכ"ם של מרסיי במשך מספר דקות, מה שקורה בדרך כלל רק במצבים חריגים של סכנה, כגון חטיפה או פיגוע טרור.
האזעקה הופיעה מיד, עם 2 לוחמים צבאיים שהיו מוכנים להמריא לאגף את המטוס ולבחון בקפדנות מה קורה בתוך תא הטייס, גם כי כדי להפוך את המצב לעוד יותר מדאיג, יש את המלחמה שמתרחשת באירופה, עם צרפת ואיטליה מתחייבת לתמוך באוקראינה.
למרבה המזל, לא היה צורך לשגר את מטוסי הקרב, מכיוון שאף אחד מהחירום הצבאי הפוטנציאלי הזה לא התרחש על סיפון האיירבוס A330.
לאחר מספר דקות, המטוס חידש את הקשר עם מגדלי הפיקוח ונחת בשלום ברומא פיומיצ'ינו בשעה 6:31 בבוקר (שעון איטליה) כמתוכנן.
בדיווח על החדשות, ריפבליק ציינה בשחזור של העובדות שהושגו לאחר חקירה פנימית: "סיימנו הליך חקירה פנימי. החקירה הפנימית נועדה לברר את האירועים הקשורים לאובדן הרגעי של תקשורת הרדיו בין תא הטייס למשרדים שהוקמו לבקרת תעבורה אווירית, בפרט במהלך טיסת יתר של המרחב האווירי של צרפת.
"החקירה הובילה לזיהוי התנהלות שאינה תואמת את הנהלים הנהוגים על ידי המפקד הן במהלך הטיסה והן לאחר הנחיתה".
עם זאת, יש צורך לקחת צעד אחורה ולחזור על העובדות בפירוט, החל מה-30 באפריל ועד היום, עת התפרסמה הידיעה. ברגעי הדממה בתא הטייס, הקצין הראשון של הטיסה נמנם באופן לגיטימי, כמתחייב בפרוטוקול "מנוחה מבוקרת", לפיו טייס יכול להירדם בזמן מוסכם אם הקולגה ער.
כדי לוודא שלפחות טייס אחד ער בזמן שהשני ישן, ישנו נוהל מקודד. על הדיילים להתקשר לטייס הפיקוד דרך האינטרקום הפנימי שוב ושוב מדי כמה דקות כדי לבדוק שהוא באמת ער ושהכל מתנהל כרגיל. מה-9 בספטמבר ואילך, הטייסים הם למעשה "משוריינים" בתא הנוסעים מטעמי בטיחות.
בחקירתה הפנימית שאלה רשות הפלסטינית את המפקד האם ביקש מהדיילות לא להתקשר לאינטרקום לעיתים קרובות מדי כדי לא להעיר את הקצין הראשון הישן ואם במקרה ברגעי הדממה הללו הוא נפל קורבן של הלם פתאומי של שינה בעצמו. המפקד, מצדו, הכחיש כל עוול בכפו וטען כי הוא נשאר על המשמר בכל עת ולא הגיב למוקדי המכ"ם הצרפתיים עקב תקלה על הסיפון במערכות הקשר.
אולם כשל כזה לא נמצא בבדיקות התפקוד שנערכו בימים שלאחר מכן על ידי טכנאים של חברה חיצונית עצמאית (גרמנית) כדי לבדוק אם אכן נפל כשל. למעשה, לא נמצא כשל טכני מכל סוג שהוא.
